《與細菌混了3000年》通過仍在迅速發展中的科技，從微生物到行星尺度，以「共生（symbiosis）」 和「親屬關係（kindship）」邏輯去推測一個別樣的太空未來。計畫名稱源自於美國作家馬克·吐溫（Mark Twain）1905年完成的未出版手稿，其內容是關於一位誤被魔術變成細菌的微生物學家，以保有人類記憶的非人（nonhuman）視角去觀察世界。

受此故事啟發，創作團隊由微生物視角出發，虛構了棲居於火星的嗜極菌（extremophile bacteria）主角。在無法用文字描繪的接觸過程中，嗜極菌在女孩腸道的微生物群系中認出屬於相同系譜的祖先菌。這是一個有別於過往的「第一類接觸（first contact）」，在肉眼難以觀察的規模中刻畫一種相互依存的宇宙觀。在火星原住菌與「人類」祖先菌的重逢故事中，兩個生命體會擁抱抑或傷害對方？

借鑒於科幻文學、新興科技與後人類觀點，本計畫經由原型開發、實驗錄像、太空模擬、線上平台與利益關係者訪談等途徑，開啟一系列關於如何脫離殖民隱喻看待太空的討論。在創作與研究過程，團隊走訪了台灣國家太空中心及美國太空總署（NASA）在60年代太空競賽期間於西部沙漠建立的月球模擬基地，實地取景拍攝並採集微生物樣本，將極端地貌與顯微影像並置，模糊人與微生物的分野，進而以「共生體（holobiont）」概念取代人類「個體」的定義。

《與細菌混了3000年》像是一道想像力的測驗，思考人類應如何在太空探索（殖民）進程，銘記人類世(Anthropocene)的教訓，將共生觀念植入對星際生態系的想像之中。正因為太空探索與軍備競賽、地緣政治、經濟利益高度相關，所以當商業化契機使宇宙成為等待被開拓的「新邊疆（new frontier）」時，我們希望在已經不再是空想的「太空時代」提出一種新的語言—一種有別於殖民隱喻的語言。從氣候變遷到貧富差距，我們已見識到要解決這些人類製造出的問題有多困難。而在太空，我們有機會從一開始就做出更好的選擇。